为了更加及时、有效地参与自然灾害救助，履行社会组织职责，2013年4月设立自然灾害救助基金，依照《中国人口福利基金会自然灾害应急预案》开展工作，以应急救助和灾后卫生健康援助为主开展公益活动。在2013年的雅安地震和2014年的鲁甸地震赈灾活动中，该基金捐赠款物4136万元助力灾区人民恢复生产。2021年河南水灾期间，通过支付宝公益等渠道筹集善款1.1亿元，为109家河南灾区的基层医疗卫生机构捐赠DR、CT、彩超等医疗设备共262台(套)，救护车40辆。2023年甘肃积石山县发生6.2级地震，在支付公益发起活动，捐赠价值945.54万元的医疗设备329台，分发至临夏州8个受灾县区107家医疗机构。2024年，持续在雅安地区开展地震灾后重建公益活动，捐赠款物。